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每個程式都會有臭蟲(bug)，GNU/Linux的軟件也不例外。臭蟲出現不但影響軟件的穩定性，令其不能運作。更嚴重的是引發安全漏洞，讓人有機會入侵系統進行破壞。自由/開源軟件在修補漏洞一向令人讚賞的效率，可以在短時間發出修補好的安全版本，但實質的安全還是靠系統管理員即時更新系統裝上安全版本。

大部份GNU/Linux Distribution都有提簡易的方法更新系統中的軟件。

• Debian GNU/Linux
  • Debian 4.0 (Etch) 或以上
    • 使用圖形介面的更新管理員(Update Manager)
    • 使用圖形介面的套件管理工具Synaptic
    • 直接使用apt-get指令更新
  • Debian 3.1 (Sarge) 或更舊
    • 使用圖形介面的套件管理工具Synaptic
    • 直接使用apt-get指令更新
• Fedora/Redhat/CentOS
  • 套件更新器(pup)
  • yum指令
• Ubuntu
  • 使用圖形介面的更新管理員(Update Manager)
  • 使用圖形介面的套件管理工具Synaptic
  • 直接使用apt-get指令更新

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